Sve navedene zaklade sabrane su u jedinstvenu bolnicu čija je gradnja započela 1794.godine, ali je dovršena tek 1800.godine potporom biskupa Maksimilijana Vrhovca. Kako je to bilo doba napoleonskih ratova, zgrada je najprije postala vojna bolnica. Tek se od 1803.godine, na zauzimanje županije, zgrada počela upotrebljavati za liječenje građana. Bolnica je otvorena 23. kolovoza 1804. za 32 bolesnika, a uprava je dana Milosrdnoj braći iz Bratislave. Oni su obavljali dužnosti ljekarnika i kirurga. Bolnica je uskoro došla na dobar glas, pa je 21. siječnja 1811.godine Rudolf Lamprecht u njoj pokušao osnovati privatnu kiruršku školu. Puno službeno ime bolnice bilo je Javna opća bolnica Milosrdne Braće na Jelačićevom trgu, odnosno Bolnica Milosrdne braće. Pravni status bolnice bio je da je privatna bolnica s pravom javnosti, odnosno za plaćanje bolno-opskrbnih troškova jamčila je kraljevska zemaljska vlada. Bolnička se zgrada isprva nalazila na Jelačićevu trgu, ali je 1931. porušena i smještena u drugu zgradu.
Drugu bolnicu u Zagrebu, Bolnicu sestara milosrdnica, osnovao je 1841. kardinal Juraj Haulik. Uz nju je sazidao zgradu današnjega samostana u Frankopanskoj ulici. Bolnica je počela s radom 1. siječnja 1846.godine sa 12 kreveta. Bila je povjerena sestrama sv. Vinka Paulskoga, koje su došle iz Tirola. Bolnica je dugo bila u sklopu samostana. Kasnije je za nju sagrađena zgrada u Ilici br. 83, a danas je u velikim zgradama u Vinogradskoj ulici.